Eo biển này kéo dài gần đúng theo hướng đông bắc-tây nam, với chiều rộng tối thiểu khoảng 24 km (15 dặm Anh) ở đầu phía đông bắc, giữa mũi Tua trên đảo Sumatra và mũi Pujat trên đảo Java. Nó rất sâu ở phía tây nhưng hẹp và nông hơn ở phía đông, với độ sâu chỉ 20 m (65 ft) ở các phần phía đông. Điều này làm cho nó trở thành khó có tiếng trong việc hoa tiêu, với các dải cát ngầm, dòng chảy thủy triều rất mạnh và các vật cản nhân tạo như các giàn khoan dầu ngoài khơi Java. Nó từng là hành trình đường thủy quan trọng trong nhiều thế kỷ, đặc biệt là trong thời kỳ khi công ty Đông Ấn Hà Lan sử dụng nó làm cổng vào quần đảo Gia vị của Indonesia (1602-1799). Độ hẹp, độ nông của eo biển cũng như không có biểu đồ chính xác đã làm nó trở thành không phù hợp cho nhiều tàu thuyền lớn ngày nay, phần lớn trong số đó thay vì đi qua đây đều đi qua eo biển Malacca.[2]

Trong eo biển này có một số đảo nhỏ, bao gồm Sangiang (Cản đường), Sebesi, Sebuku, Panaitan (Hoàng tử) và đáng chú ý nhất là quần đảo Krakatoa gồm các đảo Lang (Panjang hay Rakata Kecil), Verlaten (Sertung), Krakatoa và Anak Krakatoa. Phần nhiều trong số các đảo này (như Sebesi và Panaitan) có nguồn gốc núi lửa, nhưng núi lửa được biết đến nhiều nhất là Krakatoa. Các đảo trong eo biển và các khu vực bao quanh cận kề Java và Sumatra từng bị tàn phá bởi vụ phun trào của núi lửa Krakatoa năm 1883, chủ yếu là do đá bọt rơi mãnh liệt và các trận sóng thần lớn sinh ra do sự sụp đổ của núi lửa này. Vụ phun trào đã làm thay đổi mạnh địa hình eo biển, với tới khoảng 18–21 km³ ignimbrit bị trầm lắng xuống trên một diện tích khoảng 1,1 triệu km² xung quanh núi lửa. Một số khu vực không còn được tái định cư nữa (như khu vực duyên hải Java hiện nay nằm trong vườn quốc gia Ujung Kulon), nhưng phần lớn vùng duyên hải hiện nay có dân cư đông đúc.